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à partir de quand un virus muté est-il considéré comme un nouveau variant?

De la souche de Wuhan à Omicron: en deux ans, le SARS-CoV-2 a évolué en différents variants, possédant diverses mutations. Mais si quelques-uns sont connus du grand public, il en existe en réalité « des milliers et des millions ».

Alpha, Bêta, Delta et maintenant Omicron… Ces termes étaient, jusqu’à ces derniers mois, rattachés à l’alphabet grec. Pour la population mondiale aujourd’hui, ils renvoient aux variants du Covid-19. L’apparition d’un nouveau variant entraîne, désormais, une foule de questions et d’inquiétudes concernant sa dangerosité, sa contagiosité ou encore sa résistance à l’immunité développée.

Mais s’il existe, pour le grand public, quelques variants qui se sont succédé depuis le début de la pandémie, sur le plan virologique, on en compte bien plus, car est considéré comme « variant » tout virus présentant une mutation différente de la souche d’origine.

« Un virus n’est jamais stable »

Pour comprendre ce qu’est un variant, il faut d’abord expliquer comment un virus mute. « En fait un virus n’est jamais stable », explique à BFMTV.com le virologue Eric Leroy, directeur de recherche et membre de l’Académie nationale de médecine. Quand il intègre un organisme, « il se développe, se multiplie en permanence et à chaque fois qu’il se multiplie, le code génétique en se reproduisant commet des erreurs », que l’on appelle mutations.

« Comme pour tous les virus à ARN, la réplication du SARS-CoV-2 n’est pas très fidèle et de nombreuses mutations apparaissent rapidement », souligne également le dictionnaire médical Vidal.

Cette même source explique qu’une « mutation est la substitution d’une base de l’ARN (dans le cas des virus à ARN) par une autre au cours d’une erreur de réplication », ce qui aboutit à la modification d’un acide aminé. Le génome de SARS-CoV-2 en est composé de près de 10.000.

Ces mutations peuvent prendre différentes formes, explique le Vidal:

  • une substitution – un acide animé en remplace un autre
  • une délétion – un acide aminé disparaît
  • une insertion – un nouvel acide animé est introduit dans la protéine
  • ou encore une duplication – un acide aminé est anormalement répété.

« En gros une mutation est juste un changement ponctuel (un seul) dans l’ARN du virus qui conduit à un changement ponctuel dans la protéine » concernée, résume la virologue Morgane Bomsel, directrice de Recherche au CNRS.

Ces différentes mutations peuvent apporter une nouvelle capacité au virus, comme une transmissibilité accrue, un échappement immunitaire (l’immunité acquise par l’individu infecté ne l’empêche pas d’être recontaminé), mais elles peuvent aussi lui nuire. « Certaines peuvent être défavorables pour le virus et l’empêcher de se reproduire », explique par exemple à BFMTV.com Vincent Maréchal, professeur de virologie à la Sorbonne Université (Paris). D’autres sont « silencieuses » et n’ont pas d’incidence sur son fonctionnement.

« Des milliers et des millions » de variants

À partir de là, deux définitions du terme variant cohabitent. « Un variant, au sens virologique du terme, est défini par l’existence, ne serait-ce que d’une seule mutation, par rapport à son parent », explique Eric Leroy. En ce sens, il en existe « des milliers et des millions au cours d’une épidémie, d’une pandémie. Et évidemment plus l’épidémie s’étend dans le temps, plus il y en a ».

Au sens génétique, on parle de variant « quand le virus n’est plus identique à la souche de base », explique également Vincent Maréchal. « Nous des variants on en voit tout le temps, mais très peu sont connus. »

Le grand public ne connaît donc, en réalité, qu’une très petite partie des variants du SARS-CoV-2. Si ces quelques variants sont davantage mis en avant, « c’est parce que les mutations qu’ils comportent entraînent un changement de comportement, une variation particulière », explique Vincent Maréchal. Le variant Omicron est par exemple bien plus contagieux que les précédents.

« Le variant tel qu’on le comprend dans le domaine public, c’est une souche virale du SARS-Cov-2 qui possède une propriété qui se remarque, est particulièrement importante pour la santé publique », déclare Eric Leroy.

« Il existe de nombreux variants, mais qui ne sont pas intéressants parce que les différences de propriétés ne nous concernent pas, n’ont aucun effet ou alors ce sont des effets marginaux vis-à-vis de notre conception à nous de la santé publique ».

Des « lignées » de virus

D’autre part, on regroupe sous le terme variant des virus qui ne présentent parfois pas exactement les mêmes mutations. C’est notamment le fonctionnement de l’Organisation mondiale de la Santé, qui classe les variants selon leur dangerosité pour la santé publique. Les VOC (« variants préoccupants ») sont les variants qui – parce qu’ils sont très contagieux, très virulents, ou permettent un échappement immunitaire au virus – sont considérés comme les plus à risque. Les VOI (« variants d’intérêt ») sont considérés comme moins dangereux mais affectent également la population avec ces mêmes caractéristiques.

« Dans certains cas, un groupe de variants avec des changements génétiques similaires (…) peut être désigné par les organisations de santé publique comme un variant préoccupant (VOC) ou un variant d’intérêt (VOI) en raison d’attributs partagés et de caractéristiques pouvant nécessiter une action de santé publique », explique ainsi le CDC américain, le centre pour le contrôle et la prévention des maladies.

Le variant Omicron désigne ainsi différents sous-lignages. Si ses sous-lignages BA.1 et BA.2 « portent la mutation K417N », BA.2 ne possède pas, de son côté, « la délétion 69-70 dans la protéine Spike », écrit Santé publique France dans l’analyse de risque du 15 décembre sur les variants émergents du SARS-CoV-2. Quand on parle du variant Omicron, on parle donc en fait de virus qui diffèrent légèrement.

Le terme variant peut également, dans l’usage courant qui en est fait, se confondre avec le terme de « lignée ». Ainsi, quand on parle du variant Alpha, est parfois utilisé le terme « B.1.1.7 ». Ce dernier désigne en réalité la lignée d’où est issu le variant Alpha.

Phylogénie du SARS-CoV-2
Phylogénie du SARS-CoV-2 © GISAID

Une lignée est « un groupe de virus étroitement apparentés avec un ancêtre commun », écrit le CDC. Lorsque l’on suit l’évolution des mutations dans le temps, « on obtient des ‘lignées’ de virus que l’on peut visualiser comme des branches dans l’arbre généalogique de SARS-CoV-2 », souligne également le Vidal.

Vers un nouveau virus?

Étant donné qu’un virus ne cesse de se modifier, d’acquérir de nouvelles mutations, on peut alors se demander jusqu’à quel point le virus muté produit peut encore être associé au virus de base, le SARS-CoV-2. Un variant peut-il, à terme, tellement muter qu’il créé un tout nouveau virus?

Pour le moment, « on reste dans le même groupe, les virus qui circulent actuellement restent plus proches les uns des autres que le SARS-CoV-2 n’est proche des autres coronavirus », explique Vincent Maréchal, mais ils continuent d’évoluer. « Les variants font des petits, et évidemment, ils ressemblent plus à leurs parents qu’à leurs grands-parents », ou à leur ancêtre commun à tous, le virus historique détecté à Wuhan.

Il est possible que sur le très long terme – bien plus que deux ans de pandémie – des virus se détachent de l’arbre généalogique du Covid-19 pour créer leur propre arbre phylogénétique. Le SARS-Cov-2 descend par exemple lui-même d’un autre virus de base: « il y a 5 coronavirus chez l’homme, et ils ont un ancêtre commun avec le SARS-CoV-2 actuel, mais ils ont divergé » dans le temps, explique Eric Leroy.

« Donc effectivement, à mesure et à mesure que l’évolution se fait, les virus vont s’adapter, vont évoluer petit à petit« , continue le virologue, « et puis éventuellement un jour si les conditions le permettent, il y aura l’avènement d’un virus qui est tellement éloigné de son virus d’origine qu’on aboutit soit à une nouvelle espèce ou alors à un nouveau genre viral ».

Salomé Vincendon

Salomé Vincendon Journaliste BFMTV



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